TOF-DR软件的数据分析拥有四个程序模块：Spectrum analysis、Image analysis、Profile analysis以及3DImage analysis。为了方便大家更好地使用TOF-DR软件，本系列文章将会和大家分享一些数据处理的常用功能及技巧。在此，本文将以Cu/Al网标样为例，介绍Image analysis模块常用功能的基本操作。
Image analysis基本界面：1-菜单栏和工具栏；2-特定功能图标；3-Peak列表；4-Mapping图显示窗口；
一、Mapping数据的导入与导出
Image analysis数据导入可通过【Playback】或【Open】两种方式完成：
1.【Playback】：点击【Playback】按钮，选择原始【*.raw】文件，再点击【Start】完成原始数据回溯。此外，在【Playback】界面，还可通过【Limit by Time or Cycle】和【Regions of Interest】设置回溯的起始/终止时间、层数及ROI感兴趣区域。
2.【Open】：点击【Open】按钮，选择【.ims】后缀文件，即可打开之前保存的二次离子影像，在【.ims】文件中，仅保留了mapping信息，无spectrum、profile信息。
谱峰指定与Mapping回溯：通过【Playback】方式将原始数据导入至TOF-DR之后，在Image analysis仅显示总离子成像图，如果想要将感兴趣的谱峰Mapping提取出来，需要先对质谱数据进行质量校准，并进入【Peaks】界面按照以下流程进行谱峰指定与Mapping回溯：
1. 谱峰指定：点击【NewPeak】按钮进行谱峰添加，此时会在Peak列表创建一个未命名的New Peak，接下来在右侧【Formula】输入指定谱峰的化学式或质量数，即可新增一个谱峰，这时软件会通过双光标自动给出该谱峰粗略的质量范围，需要手动拖拽光标修改谱峰的积分范围。
2. 被添加的谱峰会在左侧【All Peaks】栏中展示，之后需要勾选【Peaks】界面右侧的【Imaging】按钮。
3. Mapping回溯：添加完所有感兴趣的谱峰，并完成谱峰指定与积分范围调整之后，再次点击【Playback】的【Repeat】回溯数据，即可将指定谱峰的 Mapping 图加载至【Image】编辑界面。
* 注意：若通过【Playback】的【Start】按钮重新加载原始数据，此前的谱峰校准信息不会自动保留，需重新检查并确认【Peaks】中的谱峰选择范围（避免质量偏移）。
4. 快捷添加：在Spectrum analysis编辑界面，可点击【Image】功能键将所选谱峰添加在Peaks列表中，自动勾选【Image】。此时peaks列表中所显示的二次离子名称为相应谱峰的精确质量数而非分子式。
5. 保存Peaks列表：在【Peaks】点击【Select All】选中所有的谱峰，再点击【Save】按钮可将已添加的谱峰保存为(.pk)后缀的单独文件。该文件会记录谱峰的精确质量数和相应的质量区间，在后续分析其他类似样品数据时可直接调用。
Mapping数据的保存与导出：
1.批量导出：在【Image】界面点击【Select All】选中所有已回溯的Mapping，并点击右上角【File】→【Save As】就可将当前已回溯的Mapping另存为以下几种格式的文件：
【.ims】格式文件：该文件格式只可用于TOF-DR打开，仅保留Mapping，无spectrum、profile信息。
【.bmp/.tif】格式文件：这两种文件格式为bmp格式的矢量图像和tiff格式的光栅格式图像，适合对图像质量有较高要求的场景。
【.pgm】格式文件：该文件格式可将Mapping中每个像素点的强度信息转化为ASCII编码的二维数组矩阵，【.pgm】格式文件可导入至Excel和Origin并进行重新绘制，适合需要对图像进行后期编程与数学处理的场景。
支持导出的mapping格式文件
2. 单张图像保存：选择要保存离子成像图，单击鼠标右键，并在快捷菜单中选择【Copy to Clipboard】,可将单张Mapping粘贴到Word/PPT/Excel中；在单击右键弹出的快捷菜单中还可选择【Save to BMP/TIFF】，则以BMP/TIFF格式保存单张Mapping。
3.快速导出与编辑：
如果需要对Mapping进行快速导出，有两种方法可对图片进行排版并输出至PPT：
① 点击【Image】界面左上角的【Edit】按钮，并选择【Copy to Powerpoint】，在设定期望导出的Mapping数量与幻灯片布局、尺寸等参数后，即可按顺序导出当前窗口界面显示的Mapping。
② 点击功能栏【Slides】，通过界面左上角【Params】设置字体大小等参数；中间【Select Template】选择mapping图布局模板，可将感兴趣的Mapping从左侧列表拖拽到模板中的自定义位置进行排版；最后单击【Export Slide】，将编辑好的mapping图导出到PPT。
③上述两种方式导出至PPT的图片和文字均可进一步编辑。
Mapping图编辑与导出
二、图像对比度及颜色调整
在TOF-DR中可根据以下方式对Mapping的亮度、对比度和配色方案进行调整：
1. 图像亮度调整：在Mapping上方单击鼠标右键，选择【Set Scale Range】,在弹出的信号强度调整界面可修改Mapping的最大值和最小值，调整Mapping的显示亮度；此外，如果选择【Auto Scale】，可对Mapping亮度进行将自动缩放。
2. 【Convolve】处理：在Mapping上方单击鼠标右键并选择【Convolve】，可对图像信号进行卷积处理，对于信号强度较弱的Mapping，【Convolve】处理可增强图像的亮度与对比度。
3. 像素合并【Bin】：在【Image】界面中【Bin】下拉菜单栏中，可对Mapping进行像素合并操作，例如，若Mapping原始图像分辨率为256´256，如果将【Bin】数值设置为2´2，图像像素密度将变为128×128（原256×256像素中每2×2个像素合并为1个），合并后像素的信号为原来的2´2像素信号之和，此时图像亮度会有所提升，但图像分辨率会有所下降。
* 注意：【Bin】处理前后Mapping中的总体信号强度不变，像素点合并之后的亮度提升为“数值叠加”，而非二次离子真实信号强度有所增强。
4. 图像缩放【Zoom】：鼠标左键双击Mapping，再以鼠标光标位置为中心放大离子成像图，且允许以左键拖拽的方式移动图像位置；此外，也可通过【Image】界面中【Zoom】下拉菜单栏，选择图像放大倍数。
5. 其他显示设置：鼠标右键单击colour bar，可切换【lin/log】（线性/对数）显示模式，也可修改colour bar的渐变类型及色阶范围；另选择【Custom】，允许自定义色阶的数值区间。
图像亮度、对比度及配色方案调整
三、ROI感兴趣区域创建与应用
ROI编辑界面
在TOF-DR中可进行ROI选区回溯操作，提取和分析感兴趣区域的质谱数据：
1. 打开【Playback】界面，载入原始数据文件，完成对Peaks指定及Mapping图的添加。
2. 重新打开【Playback】界面，勾选界面底部的【Acquire From ROI(s)】选项，点击【Edit ROIs】按钮，进入ROI编辑界面（界面示意如上图所示）。
3. 快速定位并选择目标物质的特有分布区域，点击【Get Image】按钮选定对应图像，该图像将显示于右侧预览窗口。
（注意：若未完成步骤1中的Peaks指定与Mapping图加载，直接通过【Playback】界面打开【Edit ROIs】编辑界面，则仅能对【Total Ion】（总离子图）进行ROI编辑）。
4. 点击【Full Area】将选定图像完整添加至左侧ROIs列表界面，点击【Counts】进一步快速完成区域面积调整。除【Full Area】（全区域）功能外，可根据实际分析需求选择不同的区域添加方式，包括【Rect】（矩形）、【Polygon】（多边形）、【Circle】（圆形）及【Shape】（自定义形状）；此外，点击【Add ROI】按钮，可创建多个独立的ROI分析区域，用于多区域对比分析。
5. 完成指定质谱和maaping图的调出后，可点击界面底部的【OK】按钮确认；在关闭ROI编辑界面后，点击【Playback】界面中的【Repeat】按钮，即可将编辑完成的ROI同步添加至所有分析模块中。
【Shape】功能—多个相同面积的ROI创建
6. 若需创建多个面积相同的ROI，可通过【Shape】功能实现批量精准编辑，具体操作如下：在ROI编辑界面中，选择【Shape】功能模块；在【Shape Type】选项中，勾选所需的ROI形状（如矩形、圆形等）；通过【Point X/Y】参数框，精准编辑ROI的尺寸大小及坐标位置，确保多个ROI面积一致；点击【Adjust】按钮，可对选定的ROI框进行上下、左右方向进行微调，直至移动至目标感兴趣区域；位置确认无误后，点击【Apply】按钮，完成对一个ROI的添加；重复步骤以上步骤，将ROI移动至其他目标感兴趣区域，即可批量添加多个面积相同的ROI。
7. 在【Image】编辑界面中，左键按住列表中的ROI（或相应Mapping 图）拖拽至目标离子成像图，即可将该ROI应用于目标图像，实现对特定区域的离子信号分析。
